实践中，自然人股东增资有限责任公司（下称公司），可以以货币性资产、非货币性资产增资。在增资入股时，由于增资方式的不同，导致自然人股东承担或轻或重的税负。具体情况为：

一、自然人股东以现金、银行存款等货币性资产增资入股公司的纳税情况

印花税：根据《中华人民共和国印花税法》第五条“印花税的计税依据如下：（三）应税营业账簿的计税依据，为账簿记载的实收资本（股本）、资本公积合计金额”、第八条“印花税的应纳税额按照计税依据乘以适用税率计算”、印花税税目税率表“营业账簿：实收资本（股本）、资本公积合计金额的万分之二点五”规定，自然人股东以现金、银行存款等货币性资产增资入股公司，涉及税种为印花税，应按照实收资本（股本）、资本公积合计金额的万分之二点五缴纳印花税。

二、自然人股东以持有其他公司股权（非货币性资产）增资入股公司的纳税情况

1、印花税

前文已详述，本节简述。根据《中华人民共和国印花税法》第五条、第八条以及印花税税目税率表“股权转让书据（不包括应缴纳证券交易印花税的），价款的万分之五”规定，自然人股东以股权增资入股公司的，印花税应按照价款的万分之五缴纳。

2、个人所得税

根据《中华人民共和国个人所得税法》及《中华人民共和国个人所得税法实施条例》规定，财产转让所得应当缴纳个人所得税。财产转让所得是指个人转让有价证券、股权、合伙企业中的财产份额、不动产、机器设备、车船以及其他财产取得的所得。财产转让所得适用比例税率，税率为百分之二十。

因此，自然人以持有其他公司的股权（非货币性资产）增资入股公司，如有所得的，需缴纳百分之二十的个人所得税。具体操作、应纳税所得额和应纳税额还需关注《〈股权转让所得个人所得税管理办法（试行）〉的公告》（ 国家税务总局公告2014年第67号）、《关于规范个人投资者个人所得税征收管理的通知》（财税〔2003〕158号）、《关于个人非货币性资产投资有关个人所得税政策的通知》（财税〔2015〕41号）、《关于个人非货币性资产投资有关个人所得税征管问题的公告》（国家税务总局公告2015年第20号）规定。

三、自然人股东以实物（非货币性资产）增资入股公司的纳税情况

1、印花税

前文已详述，本节简述。自然人以实物（非货币性资产）增资入股公司，印花税应按照价款的万分之五缴纳。

2、个人所得税

前文已详述，本节简述。根据《中华人民共和国个人所得税法》及《中华人民共和国个人所得税法实施条例》规定，自然人以实物（非货币性资产）增资入股公司，如有所得的，需缴纳百分之二十的个人所得税。具体操作、应纳税所得额和应纳税额还需关注《关于规范个人投资者个人所得税征收管理的通知》（财税〔2003〕158号）、《关于个人非货币性资产投资有关个人所得税政策的通知》（财税〔2015〕41号）、《关于个人非货币性资产投资有关个人所得税征管问题的公告》（国家税务总局公告2015年第20号）规定。

3、增值税及附加税费

根据《增值税暂行条例实施细则》第四条“单位或者个体工商户的下列行为，视同销售货物：（六）将自产、委托加工或者购进的货物作为投资，提供给其他单位或者个体工商户”、第九条“条例第一条所称单位，是指企业、行政单位、事业单位、军事单位、社会团体及其他单位。条例第一条所称个人，是指个体工商户和其他个人”规定，个人增资行为不视同销售，不缴纳增值税，也无需缴纳城建税和教育费附加、地方教育费附加。具体操作、应纳税所得额和应纳税额还需关注国家税务总局、财政部或国家税务总局发布的相关文件。

四、自然人以无形资产（非货币性资产）增资入股公司的纳税情况 

1、印花税

前文已详述，本节简述。自然人股东以无形资产（非货币性资产）增资入股公司，印花税应按照价款的万分之三缴纳。

2、个人所得税

前文已详述，本节简述。根据《中华人民共和国个人所得税法》及《中华人民共和国个人所得税法实施条例》规定，自然人以无形资产（非货币性资产）增资入股公司，如有所得的，需缴纳百分之二十的个人所得税。具体操作、应纳税所得额和应纳税额还需关注《关于规范个人投资者个人所得税征收管理的通知》（财税〔2003〕158号）、《关于个人非货币性资产投资有关个人所得税政策的通知》（财税〔2015〕41号）、《关于个人非货币性资产投资有关个人所得税征管问题的公告》（国家税务总局公告2015年第20号）、《关于完善股权激励和技术入股有关所得税政策的通知》（财税〔2016〕101号）规定。

3、增值税及附加税费

根据《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件1《营业税改征增值税试点实施办法》第一条“在中华人民共和国境内销售服务、无形资产或者不动产（以下称应税行为）的单位和个人，为增值税纳税人，应当按照本办法缴纳增值税，不缴纳营业税。个人，是指个体工商户和其他个人”、第十条“销售服务、无形资产或者不动产，是指有偿提供服务、有偿转让无形资产或者不动产”“销售无形资产，是指转让无形资产所有权或者使用权的业务活动。无形资产，是指不具实物形态，但能带来经济利益的资产，包括技术、商标、著作权、商誉、自然资源使用权和其他权益性无形资产”规定，自然人以无形资产增资应缴纳增值税及附加税费。具体操作、应纳税所得额和应纳税额还需关注国家税务总局、财政部或国家税务总局发布的相关文件。

五、自然人以不动产（非货币性资产）增资入股公司的纳税情况 

1、印花税

前文已详述，本节简述。自然人股东以不动产（非货币性资产）增资入股公司，印花税应按照价款的万分之五缴纳。

2、个人所得税

前文已详述，本节简述。根据《中华人民共和国个人所得税法》及《中华人民共和国个人所得税法实施条例》规定，自然人以不动产（非货币性资产）增资入股公司，如有所得的，需缴纳百分之二十的个人所得税。具体操作、应纳税所得额和应纳税额还需关注《关于规范个人投资者个人所得税征收管理的通知》（财税〔2003〕158号）、《关于个人非货币性资产投资有关个人所得税政策的通知》（财税〔2015〕41号）、《关于个人非货币性资产投资有关个人所得税征管问题的公告》（国家税务总局公告2015年第20号）规定。

3、增值税及附加税费

前文已详述，本节简述。根据《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件1《营业税改征增值税试点实施办法》第一条、第十条“销售服务、无形资产或者不动产，是指有偿提供服务、有偿转让无形资产或者不动产”“销售不动产，是指转让不动产所有权的业务活动。不动产，是指不能移动或者移动后会引起性质、形状改变的财产，包括建筑物、构筑物等。建筑物，包括住宅、商业营业用房、办公楼等可供居住、工作或者进行其他活动的建造物。构筑物，包括道路、桥梁、隧道、水坝等建造物。转让建筑物有限产权或者永久使用权的，转让在建的建筑物或者构筑物所有权的，以及在转让建筑物或者构筑物时一并转让其所占土地的使用权的，按照销售不动产缴纳增值税”规定，自然人以不动产增资应缴纳增值税及附加税费。具体操作、应纳税所得额和应纳税额还需关注国家税务总局、财政部或国家税务总局发布的相关文件。

4、土地增值税

根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第二条“转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物（以下简称转让房地产）并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人（以下简称纳税人），应当依照本条例缴纳土地增值税”《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第二条“条例第二条所称的转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物并取得收入，是指以出售或者其他方式有偿转让房地产的行为。不包括以继承、赠与方式无偿转让房地产的行为”规定，自然人以不动产增资入股公司的应缴纳土地增值税。具体操作、应纳税所得额和应纳税额还需关注国家税务总局、财政部或国家税务总局发布的相关文件。

5、契税

根据《中华人民共和国契税法》规定，需缴纳契税的纳税人为承受土地、房屋权属的单位和个人。因此，自然人股东以作价投资（入股）等方式转移土地、房屋权属的，非契税纳税人，不需缴纳契税。

综上所述，不同的增资方式会产生不同的纳税义务，尤其是在几种增资方式共存时或货币增资和非货币性资产增资相互转换时，但不管选择哪一种增资方式，税负的多少及承担方式还应以最有利于增资人且为该增资人接受为前提，并考虑现行有效的优惠政策。