假定情况：

B公司注册资本金1000万元，A公司投资1000万元，持股100%，截止股权转让前，盈余公积500万元。A公司拟将上述股权以25000万元转让给第三方，本次股权转让所得不纳入A公司全年企业所得计算应纳税额，仅作为股权转让相关税费的计算依据。

1、A公司直接转让B公司股权

根据《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》(国税函[2010]79号)第三条的规定，企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。

A公司发生的股权转让所得为24000万元(25000万元-1000万元)，应缴企业所得税6000万元(24000万元×25%)。

2、B公司将盈余公积转增资本后A公司再转让股权

首先，根据《中华人民共和国企业所得税法》(2018修正)第二十六条第(二)项的规定，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益为免税收入，即免征企业所得税。《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第八十三条企业所得税法第二十六条第(二)项所称符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，是指居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益。企业所得税法第二十六条第(二)项和第(三)项所称股息、红利等权益性投资收益，不包括连续持有居民企业公开发行并上市流通的股票不足12个月取得的投资收益。

基于以上税法政策规定，A公司从B公司分配的股息、红利等权益性投资收益免征企业所得税。

第二，根据《中华人民共和国公司法》第一百六十六和第一百六十八条的规定，分配当年税后利润时，应当提取利润的百分之十列入公司法定公积金。公司法定公积金累计额为公司注册资本的百分之五十以上的，可以不再提取。法定公积金转为资本时，所留存的该项公积金不得少于转增前公司注册资本的百分之二十五。

B公司的盈余公积500万元，是注册资本1000万元的50%。B公司可以250万元(所留存的该项公积金不得少于转增资本前公司注册资本1000万元的25%)盈余公积转增资本，转股后公司的注册资本增加至1250万元，其中A公司的投资成本变为1250万元。

B公司通过盈余公积转增资本的方式，致使A公司的投资成本变为1250万元。所以A公司的股权转让所得=股权转让收入25000万元-A公司股权投资成本1250万元=23750(万元)，应缴企业所得税=23750×25%=5937.5(万元)。

通过以上计算分析，通过先将盈余公积转增资本再转让股权，比直接转让股权节约企业所得税62.5万元(6000万元-5937.5万元)。

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