除了商业模式、资源的获取、人财物等方面的考虑，自然人股东转让其持有的有限责任公司（下称目标公司）股权，要缴税吗？股权转让过程中，出现违约行为产生违约金、股权转让后又收回股权以及认缴制下涉税情况如何处理？本文具体分析如下：

一、从一则案例看，自然人股东转让目标公司股权时应纳税情况

（一）案例简介

国家税务总局陕西省税务局（网址：https://shaanxi.chinatax.gov.cn/）于2020年9月23日针对吴某某与肖某某等7人就“西安某项目”股权转让事宜下发八份《国家税务总局陕西省税务局稽查局税务行政处罚事项告知书》（下称税务行政处罚事项告知书），2017年8月，肖某某等7人分别向吴某某转让各自持有的“西安某项目”（该项目由四家关联企业组成）相关股权时，共签署2份股权转让对价不一致的股权转让协议。两份协议中，用于在市场监督管理局进行股东变更登记的股权转让协议，约定的股权转让对价系按照注册认缴资金合计3780万元等额支付；而各方另行签署的股权转让协议，则约定股权转让对价以银行转账或抵偿债务方式合计2.691亿元进行支付。转让双方于2017年9月完成股东变更登记，均未申报缴纳印花税。

根据以上事实，国家税务总局陕西省税务局稽查局（下称主管税务机关）以税务行政处罚事项告知书对8人拟作出补缴印花税、个人所得税、罚款合计1.39亿元的税务行政处罚。（案例来源：国家税务总局陕西省税务局官网）

（二）评析

 从以上案例可以看出，自然人股东股权转让时应按“财产转让所得”缴纳个人所得税，按照产权转移书据缴纳印花税。具体为：

1、个人所得税。根据《中华人民共和国个人所得税法》（下称个人所得税法）第二条“下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：（八）财产转让所得”、第九条“个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人”《中华人民共和国个人所得税法实施条例》（下称个人所得税法实施条例）第六条“个人所得税法规定的各项个人所得的范围：（八）财产转让所得，是指个人转让有价证券、股权、合伙企业中的财产份额、不动产、机器设备、车船以及其他财产取得的所得”《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》（国家税务总局公告2014年第67号）第三条“股权转让包括：（1）出售股权；（2）公司回购股权；（3）发行人首次公开发行新股时，被投资企业股东将其持有的股份以公开发行方式一并向投资者发售；（4）股权被司法或行政机关强制过户；（5）以股权对外投资或进行其他非货币性交易；（6）以股权抵偿债务；（7）其他股权转移行为”规定，自然人股东转让目标公司股权的，其为纳税人，应按“财产转让所得”缴纳个人所得税。

在案例中，股权转让人与受让人采取签订并履行了两份股权对价款相差悬殊的股转协议，未以实际支付的“财产转让所得”的20%缴纳个人所得税，因此，主管税务机关作出补缴个人所得税的决定。

2、印花税。根据《中华人民共和国印花税法》（下称印花税法）第一条“在中华人民共和国境内书立应税凭证、进行证券交易的单位和个人，为印花税的纳税人，应当依照本法规定缴纳印花税”、第五条“印花税的计税依据如下：（二）应税产权转移书据的计税依据，为产权转移书据所列的金额，不包括列明的增值税税款”、第八条“印花税的应纳税额按照计税依据乘以适用税率计算”、第十条“同一应税凭证由两方以上当事人书立的，按照各自涉及的金额分别计算应纳税额”《印花税税目税率表》“产权转移书据：股权转让书据（不包括应缴纳证券交易印花税的），价款的万分之五”规定，自然人股东转让股权，应按照“产权转移书据”税目，缴纳印花税，税率为万分之五。本案中，印花税的纳税人系股权转让方和股权受让方，双方均应按照产权转移书据所列的金额缴纳万分之五的印花税。因此，主管税务机关按照当时生效实施的《中华人民共和国印花税暂行条例》作出了补缴印花税决定。

3、其他

根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条“纳税人伪造、变造、隐匿、擅自销毁帐簿、记帐凭证，或者在帐簿上多列支出或者不列、少列收入，或者经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，是偷税。对纳税人偷税的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。扣缴义务人采取前款所列手段，不缴或者少缴已扣、已收税款，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任”、第六十九条“扣缴义务人应扣未扣、应收而不收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款”规定，在本案例中，股权受让方作为转让方个人所得税的扣缴义务人，对股权受让方未如实申报和扣缴7名股权转让方的个人所得税，主管税务机关拟作出应扣未扣、应收未收税款一倍的罚款。这也是需股权受让方特别注意的情形。

二、股权转让过程中违约金涉税处理

根据《关于个人股权转让过程中取得违约金收入征收个人所得税问题的批复》（国税函〔2006〕866号）规定，股权成功转让后，转让方个人因受让方个人未按规定期限支付价款而取得的违约金收入，属于因财产转让而产生的收入。转让方个人取得的该违约金应并入财产转让收入，按照“财产转让所得”项目计算缴纳个人所得税，税款由取得所得的转让方个人向主管税务机关自行申报缴纳。因此，自然人股东转让股权过程中取得的违约金收入应按照“财产转让所得”项目征收个人所得税。

三、股权转让后，又收回股权的涉税处理

根据《关于纳税人收回转让的股权征收个人所得税问题的批复》（国税函〔2005〕130号）规定，股权转让合同履行完毕、股权已作变更登记，且所得已经实现的，转让人取得的股权转让收入应当依法缴纳个人所得税。转让行为结束后，当事人双方签订并执行解除原股权转让合同、退回股权的协议，是另一次股权转让行为，对前次转让行为征收的个人所得税款不予退回。股权转让合同未履行完毕，因执行仲裁委员会作出的解除股权转让合同及补充协议的裁决、停止执行原股权转让合同，并原价收回已转让股权的，由于其股权转让行为尚未完成、收入未完全实现，随着股权转让关系的解除，股权收益不复存在，根据个人所得税法和征管法的有关规定，以及从行政行为合理性原则出发，纳税人不应缴纳个人所得税。因此，自然人股东股权转让后又收回股权的，是否缴纳税款及能否退回所缴纳税款应区别不同情况分别处理。

四、认缴制下股权转让的涉税处理

根据《中华人民共和国公司法》第二十六条“有限责任公司的注册资本为在公司登记机关登记的全体股东认缴的出资额。法律、行政法规以及国务院决定对有限责任公司注册资本实缴、注册资本最低限额另有规定的，从其规定”、个人所得税法第六条“应纳税所得额的计算：（五）财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额”《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》（国家税务总局公告2014年第67号）第四条“个人转让股权，以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按‘财产转让所得’缴纳个人所得税。合理费用是指股权转让时按照规定支付的有关税费”、第十二条“符合下列情形之一，视为股权转让收入明显偏低:（一）申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额的。其中，被投资企业拥有土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产的，申报的股权转让收入低于股权对应的净资产公允价值份额的；（二）申报的股权转让收入低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的；（三）申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入的；（四）申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让收入的；（五）不具合理性的无偿让渡股权或股份；（六）主管税务机关认定的其他情形”规定，认缴制下，自然人股东未履行出资义务或未全部履行出资义务对外转让目标公司股权时，股权转让收入应按照公平交易原则确定。纳税人应纳税所得额以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额确认，同时也要注意无正当理由的明显偏低情形，避免引起涉税风险。

综上所述，自然人股东转让其持有的目标公司股权时，应就应纳税所得额依法缴纳相关税款，受让股权的一方作为扣缴义务人，更应关注其应纳税情况。对于在股权转让过程中还会出现的一些涉税情况，也提醒在股权转让过程中面临的各种复杂情况时，应注意是否产生纳税义务，并考虑现行有效的优惠政策。